1.血液検査

貧血や炎症の程度を調べます。下部消化管内視鏡（大腸ファイバー）や注腸X線造影（大腸バリウム検査）などの消化管検査で、クローン病における特徴的な所見が認められるかどうかを確認します。この他、腹部造影CT検査や超音波検査などを用いて全身の精密検査を行い、腸管の腫れや炎症の程度を調べることができます。

2.便検査

クローン病では小腸や大腸に形成された潰瘍などから出血が生じます。血便が生じることが多いため、便潜血検査（便の中に血液が含まれているか調べる検査）を行うことがあります。また、腹痛や下痢、血便といった症状は、腸管出血性大腸菌感染症をはじめとした感染性胃腸炎でも生じることがあるため、便の中に病原性を有する細菌が含まれていないかを調べる検査を行うこともあります。

3.画像検査

小腸や大腸などの状態を調べるために画像検査を行います。具体的にはX線検査（レントゲン検査）やCT検査などを行うこともありますが、大腸の内部を詳しく観察するために内視鏡検査を行うことが一般的です。また、クローン病の確定診断のためには内視鏡検査で病変部の一部を採取し、顕微鏡で組織の状態を詳しく調べる病理検査を行う必要があります。そのほか、内視鏡検査で観察することができない小腸に病変があることが疑われるときは、カプセル型の内視鏡を用いることがあります。